И, как вера Христова с трудом пробивала себе дорогу в сердцах местных жителей, столько раз подвергаясь тяжелейшим испытаниям, так и духовная жизнь в обители столько раз затухала, чтобы снова с большей силой вспыхнуть и освятить окрестные земли благодатным светом.

В 1568 году в Астрахань, для утверждения здесь веры Христовой, был послан игумен Кирилл: «муж почтенный, начитанный, умный, сильный волею и твердый духом». По благословению царя Иоанна Грозного и святого митрополита Филиппа (Колычева) ему поручалось устроить в городе «Николы Чудотворца монастырь общий» (то есть общежительный). Для содержания монастыря из казны было определено денежное содержание, а так же дарованы были рыбные ловли.

Первоначально Кирилл соорудил здесь деревянную часовню, в которой поставил образ Николая Чудотворца, привезенный им с собою. Игумен знал, как сильна молитва великого угодника и как благодатно его покровительство. Он в ерил, что именно святитель Николай выбрал его и привел на Астраханскую землю, а теперь он привел его и сюда на остров. Икона святителя Николая стала для будущей Чуркинской обители первой её святыней. Впоследствии прославилась она многими чудесами и была очень почитаема обитающими вокруг монастыря ногаями, калмыками и казахами.

Расцвет обители был связан с именем архимандрита Евгения, назначенного её настоятелем в 1840 году, при нем продолжилось строительство храмов монастыря, по своему очертанию монастырь стал напоминать Троицко-Сергиеву лавру – схожесть огороженной территории и главного пятикупольного Храма, колокольни, корпусов для насельников прослеживается на сохранившихся до наших дней картин и фотографий начала XX века.

В 1919 году монастырь был закрыт. В 1930 году были снесены колокольня и собор, кирпич от которых возили в посёлок имени Володарского для строительства рыбокомбината. Сломали в то время и все здания скита, и большую часть зданий в монастыре. В бывшем монастыре впоследствии располагались интернат, санаторий, туберкулёзная больница. Последней в оставшихся от монастыря помещениях, находилась психбольница, которую закрыли в начале 1990-х годов.

Весной 2004 года началось возрождение монастыря. В министерство имущественных и земельных отношений региона обратился архиепископ Астраханский и Енотаевский Иона с просьбой передать в собственность Епархии памятник истории и культуры государственного регионального значения – бывшую Высокогорскую Успено-Николаевскую общежительную Чуркинскую мужскую пустынь со всеми инженерно-техническими сооружениями, что и было сделано в 2005 году.