Захоронения князей Рюриковичей расположены вдоль стен собора в определенном порядке. Вдоль южной стены погребены в основном великие московские князья; вдоль западной – удельные, близкие родственники великих князей; вдоль северной – князья, впавшие в немилость и умершие насильственной смертью. Таковы захоронения князей Старицких, Владимира Андреевича и его сына Василия, жертв опричной политики Ивана Грозного. У северо-западного и юго-западного столпов захоронены принявшие православие представители татарской знати, находившиеся при русском дворе.
Погребения совершали в белокаменных саркофагах, которые опускали под пол в землю. Над захоронениями устанавливали кирпичные надгробия с белокаменными плитами, украшенными тонким резным растительным орнаментом и эпитафиями, выполненными славянской вязью. В начале ХХ века надгробия заключили в латунные застекленные футляры с накладными крестами и надписями. При этом в надписях были допущены ошибки: удельные князья названы великими, а в ряде случаев приведены неверные даты смерти. Всего в соборе под сорока пятью надгробиями и двумя памятными плитами находятся пятьдесят шесть захоронений.
